بنابر آنچه در برخي از روايات آمده است، علت واقعي غيبت امام زمان (عليه السلام) بر ما پوشيده است کمال الدين و تمام النعمة، ص 482. در عين حال با استفاده از روايات به عواملي چند در اين زمينه پي مي بريم:



1 ـ امتحان و آزمايش: غيبت آن حضرت سبب مي شود تا نفاق پنهان عده اي آشکار شود، و ايمان حقيقي محبان و شيعيان واقعي امام (عليه السلام) در کوره ي ولايت امام غايب (عليه السلام) از ناخالصي ها و دورويي ها جدا و پاک گردد و مؤمن از منافق تميز داده شود.



حضرت موسي بن جعفر (عليه السلام) مي فرمايد: «هنگامي که پنجمين فرزند امام هفتم (عليه السلام) غايب شد، مواظب دين خويش باشيد، تا مبادا کسي شما را از دين خارج کند! اي پسرک من! براي صاحب الامر بناچار غيبتي خواهد بود، به طوري که عده اي از مؤمنان از عقيده ي خود بر مي گردند، همانا خدا به وسيله ي غيبت، بندگانش را امتحان مي نمايد.»بحارالانوار، ج 51، ص 113.



2 ـ بيعت نکردن با ستمکاران: حسن فضّال مي گويد: علي بن موسي الرضا (عليه السلام) فرمود: «گويا شيعيان را مي بينم که هنگام مرگ سومين فرزندم (امام حسن عسکري (عليه السلام)) در جست و جوي امام خود همه جا را مي گردند، اما او را نمي يابند.» عرض کردم: به چه دليل؟ فرمود: «زيرا امامشان غايب مي شود.» عرض کردم: چرا غايب مي شود؟ فرمود: «براي اين که وقتي با شمشير قيام نمود بيعت کسي در گردنش نباشد.» بحارالانوار، ج 51، ص 113.



3 ـ حفظ جان حضرت:



زراره مي گويد: حضرت امام صادق (عليه السلام) فرمود: «اي زراره! قائم ما ناچار است که غيبت کند.» عرض کردم: براي چه؟ فرمود: «از جان خود بيم و ترس دارد.» پس حضرت با دست به شکم خود اشاره کرد اثبات الهداة، ج 6، ص 437.



امام زمان (عليه السلام) از کشته شدن و مرگ بيم و هراس ندارند، بلکه حفظ جان ايشان به خاطر اين است که مبادا پرچمِ هدايت زمين بماند، و رشته ي هدايتي که به پيامبر گرامي اسلام (صلي الله عليه وآله وسلم) متصل است، قطع شود.