در داستان علي بن فاضل به مطالبي اشاره شده که با بسياري از مسلّمات ديني سازگاري ندارد و روايات زيادي بر خلاف آن مطالب هست که به برخي از آنها اشاره مي گردد:

1 . در متن روايت آمده است که: فاضل مازندراني از شخصي به نام سيد شمس الدين پرسيد: چرا ميان برخي آيات قرآن کريم، ارتباط منطقي وجود ندارد؟ سيد شمس الدين پاسخ داد: اين قرآني است که خليفه اول جمع آوري کرده و بعضي آيات با هم سازگاري ندارد! همان گونه که مشاهده مي شود، اگر کسي اين قسمت را قبول کند، قائل به تحريف قرآن شده است. اين مطلب به اجماع شيعه و سني و به موجب صريح آيه قرآن «اِنَّا نَحْنُ نَزَّلْنا الذِّکْرَ وَ اِنَّا لَهُ لَحافِظُونَ» [1] باطل و مردود است. از طرفي اهتمام و توجه زياد مسلمانان به نوشتن و حفظ قرآن و تعدّد نسخه ها و شيوع آن در بين مسلمين، از زمان پيامبر اکرم صلي الله عليه وآله و زير نظر مستقيم آن حضرت، تا حدي بود که تبديل و تحريف آن از امور محال و ممتنع بود.

2 . متن حکايت، مکان و محل سکونت آن حضرت را جزيره خضرا معرفي مي کند. اين مطلب، بر خلاف بسياري از روايات است، از جمله:

2 - 1 . امام صادق عليه السلام مي فرمايد: «کسي از مکان سکونت آن حضرت اطلاع ندارد؛ مگر خدمتکار آن حضرت.» [2] .

2 - 2 . آن حضرت مي فرمايد: «امام زمان عليه السلام در بين مردم به طور ناشناس در همه جا حضور پيدا مي کند؛ ولي مردم حضرت را نمي شناسند؛ مگر آنکه حضرت با اذن پروردگار، خود را به خواص معرفي فرمايد». [3] .

3 . در متن حکايت آمده است؛ جزيره خضرا داراي هفت حصار از برج هاي محکم دفاعي برخوردار است تا دشمنان نتوانند وارد آن جزيره شوند. از طرفي گفته شده: آن جزيره به وسيله آب هاي سفيدي که در اطراف آن وجود دارد، همراه با نيروي غيبي، محافظت مي گردد.

4 . در متن حکايت از قول خادمان قبّه نقل شده که رؤيت امام عليه السلام غير ممکن است؛ ولي در گفت وگو با سيد شمس الدين، گفت: «هر مؤمن با اخلاص مي تواند امام را ببيند؛ ولي او را نمي شناسد». چگونه مي توان بين غيرممکن بودن رؤيت و ديدن مشروط جمع کرد؟!

5 . در يک روز جمعه، راوي داستان سر و صداي زيادي از بيرون مسجد شنيده، از سيد شمس الدين پرسيد: اين سر و صدا چيست؟ گفت: اينها سيصد نفر از ياران امام زمان عليه السلام و منتظر سيزده نفر ديگر هستند».

اگر اين مطلب را بپذيريم، بايد قائل به طولاني بودن عمر آن سيصد نفر و حيات آنان تا کنون و تا هنگام ظهور باشيم که البته هيچ دليلي بر آن نداريم.

6 . متن داستان بر وجود همسر و اولاد براي حضرت ولي عصرعليه السلام دلالت مي کند. اين نظريه را بزرگاني چون مفيد، بياضي و طبرسي رحمه الله و... نپذيرفته اند و رواياتي را که ثابت مي کند آن حضرت داراي اولادي هستند، از نظر سند رد کرده اند.