به طور كلي در مجموعه سخنان و سفارشات منسوب به حضرات معصومين(عليهم السلام) درباره مسجد مقدس جمكران به دو قسم از فضائل اشاره شده است.

1. اهميت تكويني: در سخناني كه حضرت علي(عليه السلام) به پسر يماني فرموده اند اين گونه آمده است:

... اي پسر يماني اينجا (جمكران) زميني مقدس و پاك از همه آلودگيهاست.

... بر اين زمين اثر نور حق ساطع شود و از اين زمين مردم رايحه و بوي مشك استشمام كنند... منازل و مواضع و زمينهاي اينجا عالي و گرانبها گردد.

علاوه بر اين در ضمن فرموده هاي حضرت حجة بن الحسن (عليه السلام) به حسن بن مثله آمده بود به حسن مسلم بگو: « اينجا زميني شريف است خداي تعالي اين زمين را از زمينهاي ديگر برگزيده است و به آن فضيلت و برتري داده است». از اين قبيل تعابير استفاده مي شود كه زمين جمكران نظير زمينهاي مكه و مدينه داراي ارزش تكويني خاصي است.

2. همانطور كه در حكايت بناي مسجد جمكران بيان شد در بخشي از فرموده هاي حضرت امام زمان(عليه السلام) آمده بود كه ثواب اعمال عبادي نظير اقامه نماز در اين مكان شريف بسيار زياد است تعبير آن حضرت اين بود كه: »هر كس آن دو ركعت نماز را (با شرايط خاصش) در اين مكان شريف به جاي آورد مثل آن است كه در كعبه اين نماز را خوانده است». اين امر نشان مي دهد كه از نظر معنوي اين مسجد از جايگاه ويژه اي برخوردار است.

آداب اين مسجد نيز ابتدا خواندن دو ركعت نماز تحيت و سپس دو ركعت نماز امام زمان(عليه السلام) با شرايطي است كه گفته شد.

در بعضي از اقوال نيز آمده است كه

پس از اين نماز دعاي «الهي عظم البلاء» را تا آخر قرائت كنند.

علاوه بر اين امور، خواندن دعاهاي مخصوص امام زمان نظير دعاي «ندبه» و ديگر دعاهايي كه خواندن آنها در دوره غيبت كبري سفارش شده، در اين مكان مناسب است.