حضرت بقيه الله - ارواحنا فداه - هنگامي كه به تاسيس مسجد مقدس ‍ جمكران فرمان داد، كيفيت نماز مسجد جمكران را به شرح زير بيان فرمود:

1 - دو ركعت نماز به نيت نماز تحيت مسجد، در هر ركعت بعد از حمد، سوره قل هو الله احد هفت مرتبه ، ذكر ركوع و سجده هر كدام هفت مرتبه .

2 - سپس دو ركعت به نيت امام زمان عليه السلام ، در هر ركعت بعد از حمد، قل هو الله احد يكمرتبه ، ذكر ركوع و سجده هر كدام هفت مرتبه .

در ركعت اول و دوم آيه اياك نعبد و اياك نستعين صد مرتبه تكرار مي شود.

3 - بعد از نماز: لا اله الا الله يكمرتبه ، سپس تسبيح حضرت فاطمه زهرا - سلام الله عليها - (الله اكبر 34، الحمدلله 33 و سبحان الله 33 مرتبه ).

4 - اللهم صل علي محمد و آل محمد يكصد مرتبه در حال سجده .